La basilica superiore è un vero trionfo di luce e colori. Le pareti interne della chiesa sono interamente ricoperte da affreschi ed è a Giotto che si deve il ciclo di affreschi dedicato alla vita di San Francesco. Nelle sue rappresentazioni, Giotto tralasciò gli schemi dell’arte bizantino-romanica e ne adottò altri, più dolci, più umani e più veri.